欧洲人1502年到达托多斯奥斯圣托斯湾。1549年一支葡萄牙舰队带来的殖民者建立了萨尔瓦多。它很快就成为巴西的主要海港和葡萄牙巴西的第一个殖民地首府。同时它也是制糖工业和奴隶交易的中心。1552年萨尔瓦多成为巴西的第一个天主教主教驻地，至今它依然是巴西天主教的一个中心。1572年其大教堂完工。今天这个大教堂依然保存。1583年市内有1600居民，但很快萨尔瓦多就成长为新世界最大的城市之一。1776年，美国宣布独立时，萨尔瓦多比任何美洲殖民地的城市都大。

长时间萨尔瓦多是葡萄牙格劳-帕拉总督和托多斯奥斯圣托斯湾省的首府。1625年5月荷兰占领萨尔瓦多。直到次年4月葡萄牙才重新占领萨尔瓦多。

直到1763年为止萨尔瓦多是巴西的第一个首都。它是巴西独立运动的一个基地，1812年葡萄牙军队进攻萨尔瓦多。1823年7月2日正式宣布被解放。此后150年中萨尔瓦多脱离了巴西的工业化进程，逐渐衰落，虽然如此它依然是巴西的一个文化和旅游中心。

1948年萨尔瓦多有约34万人口，是巴西第四大城市。1991年其人口增加到208万。

在1990年代中，萨尔瓦多的老城中心被清理和恢复。

许多著名的巴西人在萨尔瓦多出生。